lunes, 22 de mayo de 2023

La revolución de la biología sintética: ingeniería para domesticar la complejidad de la vida

 Un viento fuerte lleva ya algunos años soplando en las ciencias de la vida. Se llama biología sintética. Y como cualquier viento fuerte, puede empujar al barco mucho más allá del territorio conocido. 

En su versión contemporánea, la biología sintética nació en los primeros años del siglo XXI. Y no precisamente en el mundo de la biología, sino entre los ingenieros electrónicos y computacionales del área de la bahía de Boston. Algunos académicos de ese entorno comenzaron a preguntarse por las interacciones entre los componentes materiales de un sistema vivo que hace (como en cualquier máquina fabricada por humanos) que funcionen como funcionan.

Para ello hay que abordarlos no con una perspectiva evolutiva (como es habitual entre los biólogos), sino con abstracciones y métodos de análisis tomados de la electrónica, la manufactura industrial y la computación, junto con sus correspondientes herramientas matemáticas. Y así nace la biología sintética, que es, nada más y nada menos, que mirar a los sistemas vivos y su complejidad a través de la lente de la ingeniería. 

Como piezas de LEGO

Con esa perspectiva, cualquier sistema biológico, por complicado que sea, se puede descomponer en un conjunto finito de módulos y dispositivos. Estos a su vez se pueden dividir en partes con formatos, conectividades y funcionalidades definidas, todas ellas codificadas en secuencias de ADN.

No consuma noticias, entiéndalas.

Y aquí viene la proposición más novedosa (e inquietante) de la biología sintética: con esa misma lógica y jerarquía de partes, dispositivos, módulos y sistemas, uno puede reconectar de forma racional esos ingredientes biológicos de una forma distinta para dar lugar a propiedades no existentes antes en la naturaleza. Es como descomponer una máquina hecha con piezas de LEGO y construir con ellas otra máquina distinta. 

De esta forma, la relación de la ingeniería con la biología deja de ser metafórica (como en la ya clásica ingeniería genética) para convertirse en una verdadera metodología constructiva y deconstructiva de los objetos vivos. Si nuestros antepasados usaban la madera de los árboles para hacer vigas y casas, la biología sintética emplea partes biológicas codificadas en el ADN para construir racionalmente ítems biológicos con propiedades distintas a las ya existentes. 

La utilización de bacterias como un film fotográfico, como sensores ópticos de minas antipersonales o como productores de combustibles son solo algunos ejemplos tempranos de ese enorme potencial.

Este nuevo marco conceptual tiene sus raíces en la biología molecular (iniciada por los físicos después de la Segunda Guerra Mundial) y la biología de sistemas (la comprensión matemática de la complejidad biológica), pero diverge de ellas porque su agenda no es entender, sino hacer

Esto la convierte en una especie de tercera ola de la biotecnologíatras la primera, antes del ADN recombinante, y la segunda, iniciada con el desarrollo de las técnicas de clonación a mediados de los 1970. En ese sentido, la biología sintética permite que la biotecnología cumpla su agenda definitiva y se convierta en un tipo más de ingeniería. 

Comprender el origen de la vida

Aunque estos principios generales tienen muchas ramificaciones, la biología sintética viene sobre todo en dos sabores. Uno, como herramienta para contestar preguntas fundamentales, siguiendo la famosa afirmación póstuma del físico Richard Feymann de que “lo que no puedo crear, no lo entiendo”. Es decir, que la reconstrucción racional de un sistema es la prueba definitiva de que comprendemos su funcionamiento. 

No en vano, una rama muy importante de este campo persigue construir células en el laboratorio a partir de precursores simples como una forma de entender el origen de la vida (y, de paso, revisando críticamente los experimentos de Louis Pasteur sobre la generación espontánea). 














Los dos caminos para mapear la transición de la no-vida a la vida. Author provided

Algunos plantean que la creación de vida en el laboratorio es el Proyecto Manhattan (el que condujo a la fabricación de la bomba atómica) de la biología. Aunque cuando se consiga, más temprano que tarde, el impacto en los diversos sistemas de creencias será mucho menor que el que muchos anticipan. 

Tejidos con colores programados genéticamente y otras aplicaciones

Pero lo más llamativo de la biología sintética no es tanto responder a preguntas fundamentales, sino llevar a la biotecnología a niveles de eficacia sin precedentes y expandir su aprovechamiento mucho más allá de las aplicaciones tradicionales en medicina y agricultura. 

Esto es posible gracias a la capacidad creciente de escribir secuencias de ADN con instrucciones nuevas que son interpretadas como software por un recipiente biológico, ahora renombrado “chasis” en la jerga del campo. Esto permite una reprogramación deliberada de los sistemas vivos no solo en su capacidad de producir compuestos de interés, sino también en su morfología física, sus movimientos y sus programas de desarrollo macroscópico. 

Las posibilidades abiertas por esta capacidad de reescribir el ADN son inmensas y los campos de aplicación, ilimitados: desde los productos textiles funcionalizados (por ejemplo, sustitutos del cuero animal con colores programados genéticamente) a la bioarquitectura con tecnologías microbianas, pasando por supuesto por la medicina y la agricultura.

Un coro de voces críticas

Todas estas ideas y tecnologías han sido recibidas con entusiasmo por algunas comunidades científicas y técnicas, en especial la biotecnológica. Pero también con escepticismo, si no con hostilidad, por otras. 

Parte del establishment académico, sobre todo en Europa, no se siente cómoda con que la biología sea invadida (y mucho menos explicada) por disciplinas ajenas a las tradicionales ciencias de la vida. 

Otros opositores a la biología sintética (herederos del activismo contra los organismos genéticamente modificados) tienen motivaciones fundamentalmente políticas. Argumentan que este campo no es más que una nueva herramienta al servicio del neoliberalismo y de la explotación sin freno de la naturaleza en beneficio de unos pocos. 

Algunos también levantan objeciones éticas sobre la desacralización de la vida que va implícita en el discurso de esa disciplina. Asimismo, llueven las críticas desde la perspectiva de los riesgos asociados a generar nuevos agentes biológicos, su seguridad y el posible uso malévolo de la tecnología.

Hay algo de todo esto en el ecosistema que se está formando alrededor del nuevo campo. Pero también es cierto que, gracias a nuestro aprendizaje del lenguaje y la lógica de lo vivo y su inmensa capacidad de resolver problemas con mecanismos evolutivos, pasemos pronto de los intentos actuales de tecnificar la biología a ver una creciente biologización de la tecnología en beneficio de la sostenibilidad.

Como toda nueva ola científico-técnica, el diablo está mucho más en los detalles de su utilización que en la cosa en sí misma.


Artículo escrito con el asesoramiento de la Sociedad Española de Microbiología.

La paradoja de la «Apuesta del fin del mundo»

 Escrito por 

endoftheworld

La «Apuesta del Fin del Mundo»

Londres, 1989, un estirado y peculiar londinense se acerca a una de las múltiples casas de juego que hay, por doquier, en la ciudad. Tras saludar al empleado que se encuentra detrás del mostrador le solicita una apuesta inverosímil. La persona que lo atiende, al escuchar a nuestro apostador anónimo y tras unos segundos de estupefacción, entra en las oficinas para hablar con su jefe. Al cabo de unos minutos aparece sonriente y acepta la apuesta de nuestro singular británico. 

El pasaje que ficcionamos en el párrafo anterior corresponde a una de las apuestas más inusuales y fascinantes en la historia de las apuestas deportivas y generales. La persona que la protagonizó deseaba apostar que el fin del mundo ocurriría antes del 1 de enero de 2000. La casa de apuestas, sorprendida pero dispuesta a aceptar la apuesta, le dio cuotas de 1,000,000 a 1. El hombre apostó 30 libras esterlinas, lo que significa que, si ganaba, habría ganado 30 millones de libras esterlinas. El motivo detrás de esta apuesta es desconocido. Tal vez fue un acto de diversión, una forma de entablar una conversación o simplemente una broma. No obstante, la apuesta fue registrada y se mantuvo en los libros de la casa de apuestas hasta que llegó el día clave: el 1 de enero de 2000.

Como todos sabemos, el mundo no se acabó en el año 2000 – a no ser que vivamos en Matrix-. A pesar de algunos temores sobre el famoso «efecto 2000» que podría haber afectado a los sistemas informáticos en todo el mundo, transcurrió sin incidentes apocalípticos. Por lo tanto, como era de esperar, la casa de apuestas ganó la apuesta, pero la historia de la «Apuesta del Fin del Mundo» se convirtió en una leyenda en el mundo de las apuestas a la altura de la apuesta deportiva de Richard Hopkins cuando tras ver a Lewis Hamilton, con trece años, en un circuito de karting en Gales, apostó a que Hamilton ganaría un Gran Premio en la Fórmula 1 antes de los 23 años. Lo más irónico de la apuesta es que, si el hombre hubiera ganado, no habría estado allí para cobrar sus ganancias, ya que el fin del mundo, por definición, habría implicado la desaparición de la humanidad. Pero…

¿Se podría apostar por el fin del mundo y cobrar las ganancias? 

Bryan Caplan y Eliezer Yudkowsky son dos pensadores conocidos en el campo de la economía y la inteligencia artificial, respectivamente que idearon una manera de realizar una apuesta significativa sobre el fin del mundo. Caplan describió su sencillo enfoque en una entrevista en el podcast 80,000 Hours de abril de 2022. Caplan asigna una mayor probabilidad que Yudkowsky a que el mundo termine antes del 1 de enero de 2030. Por supuesto, si el mundo termina para esa fecha, Caplan no cobrará sus ganancias por el mismo motivo que no las hubiera recibido nuestro singular británico -estaría muerto-. La solución que plantea Caplan para salir de la paradoja de la «Apuesta del Fin del Mundo» es que Yudkowsky pague la apuesta por adelantado, dando por sentado que ocurrirá en fin del mundo; llegados a 2030, si esto no sucede, Caplan le tendrá que devolver a Yudkowsky el dinero adelantado más el importe de la apuesta.

Evidentemente, esta solución, tan aparentemente sencilla, solo funciona para apuestas amistosas. No parece muy realista que las casas de juego adelanten los beneficios a los jugadores antes de sucedan los eventos sobre los que se apuesta, asumiendo todo tipo de riesgos. Sin embargo, tanto Caplan como Yudkowsky no hacen apuestas para ganar dinero, sino que las hacen como una forma de poner a prueba nuestras creencias y suposiciones y aprender más sobre el mundo. De hecho, ambos sugieren que las apuestas deben basarse en argumentos racionales y evidencia empírica. Por lo tanto, si alguien quisiera hacer una apuesta sobre el «fin del mundo», debería basarse en las mejores estimaciones científicas y filosóficas disponibles sobre los riesgos existenciales.

Para Caplan, el argumento racional -y este caso racional tiene el adjetivo de probable incorporado- es que las máquinas inteligentes nos van a matar o al menos van a hacer algo tan terrible que acabará con el mundo antes del 2030 y, por ese hecho -probable- apuesta. Si esto no ocurre -porque las máquinas inteligentes no verán al ser humano como una amenaza y no lo destruirán- Yudkowsky ganará la apuesta y por tanto Caplan tendrá que devolverle el dinero apostado, el adelanto que este le dio y, no nos olvidemos, los intereses generados por el dinero adelantado.

Hay algun análisis que plantea dudas sobre la sencilla «solución» de esta paradoja por parte de Caplan y Yudkowsky que enlazamos para el disfrute de nuestros lectores más mathoquistas, aunque de lo que realmente se tendría que discutir, y en este caso apostar, no es si llegará el fin del mundo antes del 2030, si no si este lo provocarán la máquinas inteligentes, como plantea Caplan, o se anticiparán los efectos del cambio climático.

Las grandes paradojas de la ciencia: del gato de Schröndinger a las civilizaciones extraterrestres de Fermi

 Decía el filósofo estoico Crisipo que si escuchas a alguien decir “yo siempre miento” no puedes saber si realmente está diciendo la verdad. Si lo hace y miente en todas las ocasiones no lo estará haciendo en esa afirmación, pero si está mintiendo y siempre dice la verdad, se contradice a sí mismo en esa frase.

Asimismo, en 1923, el matemático inglés Philip Jourdain planteaba la situación en la que alguien escribe dos frases en las dos caras opuestas de una tarjeta. En un lado pone: “La frase en el otro lado de esta tarjeta es verdadera”, mientras que en el otro está escrito: “La frase en el otro lado de esta tarjeta es falsa”. ¿En cuál lado se dice la verdad?

A este tipo de juegos mentales se les conoce como paradojas y existen dentro de todas las disciplinas del conocimiento. Se caracterizan por ser ideas, proposiciones o historias que infringen el sentido común pero que, sin embargo, no llevan a una contradicción lógica como tal. En la ciencia, se relacionan con el razonamiento y a menudo han ayudado a los científicos a entender ciertas disyuntivas y a avanzar en diversas áreas del conocimiento.

Para entenderlas es imprescindible que cada persona emplee la capacidad de abstracción de la mente para conseguir comprenderlas y caer en el juego que presentan. Sin embargo, el objetivo no suele ser aportar soluciones o ideas resolutorias, pues la mayoría carecen de ella o han sido creadas con un propósito, sino que, hacer a cada persona reflexionar y ayudarle a desarrollar la capacidad de análisis. 

Concretamente, en la física y las matemáticas existen múltiples paradojas que han confundido a los científicos durante años, haciéndolos pensar y reflexionar y, en muchos casos, permitiéndoles llegar a resultados y conclusiones sorprendentes de sus teorías. Algunas de las más famosas son la paradoja de los gemelos de Einstein, el gato de Schrödinger, la paradoja del hotel infinito o la de las civilizaciones extraterrestres de Fermi. Te contamos más sobre cada una de ellas.

PARADOJA DE LOS GEMELOS

La paradoja de los gemelos fue propuesta por Einstein para explicar de forma sencilla su teoría de relatividad especial, la cual se basa en que la medida del tiempo es relativa, es decir, que el tiempo no pasa igual para dos personas si estas se mueven de forma diferente: una idea que escapa de la intuición lógica.

Albert Einstein, autor de la teoría de la relatividad
PIXABAY

Albert Einstein impartiendo una de sus clases

Esta paradoja presenta a dos hermanos gemelos, uno que parte en un viaje espacial alcanzando velocidades que rozan la de la luz, y otro que se queda esperando en la Tierra. Sin embargo, cuando, tras años de viaje, el viajero regresa a la Tierra, se da cuenta que es más joven que su hermano, el que se quedó, pues el tiempo había pasado distinto para él al estar viajando a velocidades relativistas, es decir, cercanas a la de la luz.

Ahora bien, para el gemelo viajero, el que se mueve en la nave espacial, realmente el que se va moviendo a velocidades relativistas, alejándose de su nave, es el que se quedó en la Tierra. Por lo tanto, desde su perspectiva debería ser su hermano el que envejeció de forma más lenta. ¿Cuál es la solución? ¿Cuál es realmente el que envejece más rápido?

Einstein consiguió resolverla en su momento aplicando su famosa teoría y alegando que, efectivamente, sería el gemelo viajero el que envejecería más lento. Como solución, afirma que la nave espacial sufriría fenómenos de aceleración y deceleración, por lo que su movimiento no sería uniforme ni simétrico y no podríamos utilizarlo como punto de referencia. Por lo tanto, esos cambios de velocidad romperían la simetría del problema, poniendo al gemelo de la Tierra como punto de referencia y dejando claro que es el otro, el viajero, el que experimenta una contracción del tiempo y, en conclusión, regresa a la Tierra algo más joven.

EL GATO DE SCHRÖNDINGER

La paradoja del gato de Schröndinger es quizás una de las más famosas dentro de la física y se aplica a la mecánica cuántica. Se trata de un juego mental propuesto por el premio Nobel austríaco Erwin Schrödinger en el año 1935 y plasma el desconcierto y confusión que supuso la física cuántica desde sus orígenes para la comunidad científica.

Schrödinger
NOBEL FOUNDATION

Retrato de Erwin Schröndinger

Así, el científico propone imaginar una caja opaca en la cual se encierra a un gato. Junto a él hay un frasquito con veneno y un martillo sostenido sobre él que, si cae, rompe el frasco, liberando el veneno y matando al gato. El martillo está conectado a un elemento radiactivo: si se desintegra, el martillo cae, si no lo hace, no. Existen un 50% de posibilidades de que la desintegración se produzca en una hora y, por lo tanto, se ponga o no en funcionamiento el mecanismo que mata al gato.

Schrödinger afirmaba que, mientras esa hora no pasase, era imposible saber el estado en el que estaba el gato y que, por lo tanto, este se encontraba vivo y  muerto al mismo tiempo. De hecho, una vez descubrieran la caja, era posible que el propio hecho de abrirla desencadenase la desintegración y fuese ese acto el que matase al propio gato. Por lo tanto, con la caja cerrada, el gato estaba en un estado indefinido de vivo-muertoimposible de conocer.

El físico utilizó esta paradoja para explicar un concepto de la física conocido como dualidad onda-partícula, el cual plantea que las partículas se encuentran en un estado combinado de onda y partícula hasta el momento en el que son observadas. En otras interpretaciones posteriores se habla también de realidades paralelas: una en la que el gato está vivo y otra en la que está muerto. Ambas sucederían al mismo tiempo sin interferir o entrar en contacto entre ellas.

PARADOJA DEL HOTEL INFINITO

La paradoja del hotel infinito es una de las más conocidas en matemáticas, pues pretende explicar el concepto de infinito, el cual es opuesto a la intuición pero demostrablemente cierto. Fue planteada por el matemático alemán David Hilbert, uno de los científicos más influyentes del finales del siglo XIX.

Así, Hilbert plantea un hotel con habitaciones infinitas. Tras la primera semana de apertura, el hotel se llena por completo: tiene las infinitas habitaciones ocupadas por infinitos huéspedes. No obstante, cierto día llega un viajero más que necesita una habitación. Como realmente tiene infinitas habitaciones, simplemente pide al huésped de la habitación 1 que se cambie a la 2, el de la habitación 2 a la 3, el de la 3 a la 4… De forma que el viajero nuevo pueda ocupar la habitación número 1.

Ahora bien, un día llega un camión lleno de infinitos huéspedes, los cuales, desean una habitación individual para cada uno. Tras pensarlo detenidamente, el conserje logra ubicar a cada uno en sus respectivas habitaciones respetando tanto su petición como de los anteriores ya hospedados. ¿Cómo lo hace? 

Hilbert plantea que, simplemente, pide a los individuos que ya estaban en el hotel que se muden de habitación: deben tomar el numero de su cuarto actual, multiplicarlo por dos, y acudir a ese dormitorio. De esta forma, los huéspedes antiguos quedan en las habitaciones pares y el conserje dispone de infinitas habitaciones impares donde hospedar a sus infinitos nuevos huéspedes.

Boceto ilustrativo
CC

Boceto ilustrativo de la paradoja del hotel infinito de Hilbert

Esta paradoja sirve para explicar los terrenos más extraordinarios de las matemáticas y puede usarse para comprender el concepto de infinito y cómo diferentes infinitos pueden entrar o caber dentro de otro infinito.

PARADOJA DE FERMI

La paradoja de Fermi surge en el año 1950 en medio de una conversación informal del físico Enrico Fermi, padre del reactor nuclear, y permite ver la contradicción entre las afirmaciones de que sí existen otras civilizaciones inteligentes en el Universo y la ausencia de evidencias. A pesar de nacer fuera de un contexto de investigación, esta paradoja tuvo grandes implicaciones en los proyectos de búsqueda de señales de civilizaciones extraterrestres (SETI).

De esta forma, Fermi trata de responder a la pregunta: “¿Estamos solos en el Universo?”. Y es que, en una conversación con un grupo de amigos se planteó esa cuestión, ante la cual Fermi se mostró muy emocionado y fantaseó incluso con la posibilidad de que tales civilizaciones ya hubiesen visitado la Tierra. Sin embargo, al desarrollar la situación, Fermi se dio cuenta que, teniendo una alta probabilidad de que alguna de las 100 mil estrellas de la galaxia sea similar al Sol, que alguna de ellas tenga un planeta que pueda soportar la vida y que haya permitido el desarrollo de vida inteligente, deberíamos haber tenido constancia de su existencia en algún momento. Como no es el caso, Fermi preguntó: "¿Dónde están si existen tantas probabilidades?".

Aunque a lo largo de los años se han usado diferentes explicaciones para solucionar la paradoja, como la posible incompatibilidad de radiofrecuencias y la dificultad para encontrar planetas que cumplan las características requeridas, el enunciado de Fermi ha suscitado mucho interés y ha motivado una gran cantidad de proyectos de búsqueda de nuevas civilizaciones y seres extraterrestres.