El esquivo antepasado del virus de la COVID-19

 Es muy posible que el virus que causa la COVID-19 compartiera un ancestro con los coronavirus de los murciélagos hace menos tiempo que el supuesto hasta ahora. Aun así, los virólogos creen que existen pocas posibilidades de hallar el ancestro directo del SARS-CoV-2.

El análisis de los genomas completos del SARS-CoV-2 y de varios coronavirus de murciélago estrechamente relacionados indica que compartieron un ancestro común hace varias décadas. Pero debido a la recombinación (el proceso mediante el cual los virus intercambian fragmentos de ARN entre sí), cada segmento genómico posee una historia evolutiva propia. En el 7º Congreso Mundial sobre Una Sola Salud, celebrado en Singapur el 8 de noviembre, se presentó el último análisis realizado hasta la fecha. En ese trabajo, los especialistas compararon segmentos de genomas de diferentes coronavirus. Su conclusión fue que algunas secciones de los genomas del SARS-CoV-2 y de coronavirus extraídos de murciélagos compartieron un ancestro común hace muy poco tiempo, en 2016, apenas tres años antes de que se empezara a detectar la presencia de un coronavirus en humanos. El trabajo no ha sido revisado por pares.

Si están en lo cierto, entre la aparición del SARS-CoV-2 en los murciélagos y el salto a los humanos pasó menos tiempo del que se creía hasta ahora. Sin embargo, no explican cómo se produjo ese salto, una de las cuestiones que ha quedado por resolver de la pandemia. Muchos científicos creen que es muy posible que el virus pasara por un animal intermedio.

Antepasado directo

Este estudio demuestra que, dada la frecuencia con la que los coronavirus se recombinan y el tiempo que ha transcurrido, será muy difícil encontrar en los murciélagos el ancestro directo del SARS-CoV-2. Según Edward Holmes, virólogo evolutivo de la Universidad de Sídney, las posibilidades de encontrarlo «son casi nulas. Ese tren ya pasó».

Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California en San Diego, que ha contribuido al último análisis, cree que es muy probable que el ancestro directo del SARS-CoV-2 se formara a partir de varios virus. Desde entonces, se ha recombinado y ha mutado en los murciélagos. Wertheim señala que si buscamos más coronavirus en estos animales identificaremos fragmentos víricos nuevos que estén relacionados más estrechamente con el virus actual que los encontrados en los que ya conocemos, pero es posible que no hallemos un ancestro directo.

Desde que comenzó la pandemia, muchos investigadores, sobre todo los del sudeste asiático, han secuenciado coronavirus presentes en murciélagos y otros mamíferos. También han secuenciado otros presentes en muestras de tejido más antiguas almacenadas en congeladores con la esperanza de hallar los orígenes del virus responsable de la pandemia. Al no haber podido localizar ese ancestro común, se ha especulado con la posibilidad de que la pandemia fuera provocada por un virus que se escapó por accidente del Instituto de Virología de Wuhan, situado en la ciudad donde comenzó todo. Ese laboratorio ha trabajado con coronavirus similares.

Segmentos víricos

Hasta ahora, se han aislado más de una docena de virus relacionados con el SARS-CoV-2, tanto en murciélagos como en pangolines. Para determinar cuál es su relación con el SARS-CoV-2, se han comparado sus genomas completos, compuestos por unos 30.000 nucleótidos. Gracias a este método, han descubierto cuáles son los parientes más cercanos conocidos del SARS-CoV-2. Uno de ellos, el conocido como virus BANAL-52, fue hallado en un murciélago de Laos. Su genoma es un 96,8 por ciento idéntico al del SARS-CoV-2. El otro, llamado RaTG13, fue hallado en Yunnan, al sur de China. En este caso, la coincidencia era de un 96,1 por ciento. Esa diferencia, de entre un 3 y un 4 por ciento, entre sus genomas y el del SARS-CoV-2 indica que estos virus compartieron un ancestro común hace entre unos 40 y 70 años.

Otros especialistas creen que al comparar las secuencias del genoma completo se pasa por alto el papel de la recombinación en la evolución del virus. Algunos segmentos de ARN podrían ser muy diferentes del SARS-CoV-2, lo que indicaría que se diferenciaron hace más tiempo, mientras que otros serían más parecidos, lo que implicaría que eso ocurrió hace menos tiempo.

Para detectar las recombinaciones producidas, compararon 18 virus de murciélago y pangolín muy parecidos al del SARS-CoV-2, y crearon con ellos 27 segmentos alineados. Spyros Lytras, virólogo evolutivo de la Universidad de Glasgow que presentó este trabajo en Singapur, señala que cada uno de los segmentos (compuestos por entre unos cientos y un par de miles de nucleótidos) tiene una historia evolutiva diferente. Para cada uno de ellos, utilizaron un subconjunto más amplio compuesto por 167 genomas de sarbecovirus para poder calcular desde cuándo compartía el SARS-CoV-2 un ancestro común con un determinado virus de murciélago o animal. El trabajo se describió el mes pasado en un post publicado en el foro de discusión virological.org, y los coautores tienen previsto enviarlo a una revista a principios del año que viene.

Años, no décadas

Gracias a este análisis sabemos que algunos segmentos compartieron un ancestro común con el SARS-CoV-2 hace pocos años. Aunque uno bastante pequeño, compuesto por unos 250 nucleótidos de longitud, lo hizo en 2016, mientras que otro más grande, de 550 nucleótidos, en 2015, solo entre 3 y 4 años antes de que el SARS-CoV-2 saltara a los humanos. Los segmentos más jóvenes procedían de murciélagos muestreados en Yunnan y Laos. Lytras señala que, dadas las distancias que estos virus pueden recorrer a bordo de sus murciélagos anfitriones, el análisis sugiere que el sur de China y el sudeste asiático son los lugares más probables en los que encontrar los ancestros del SARS-CoV-2.

Para Holmes, este «es un enfoque inteligente. Nos ofrece la información más fiable disponible hasta ahora sobre el devenir evolutivo de estos virus». Sin embargo, señala, algunos fragmentos eran bastante cortos, lo que resta fiabilidad a esas estimaciones porque solo se han podido comparar con un número limitado de nucleótidos.

Smriti Mallapaty/Nature News

Artículo traducido y adaptado por Investigación y Ciencia con el permiso de Nature Research Group.

Referencia: «The comparative recency of the proximal ancestors of SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2». Jonathan E. Pekar et al. en virological.org, 19 de octubre de 2022.